Leiden en Utrecht zijn in principe groot genoeg, om een Intercity-verbinding tussen de twee steden te rechtvaardigen. De huidige verbinding bestaat uit een sneltrein die drie haltes overslaat, en voor de NS heet dat een ‘Intercity’. Veel meer kan niet, want de spoorlijn Leiden – Alphen – Woerden werd in 1878 als enkelsporige plattelandslijn aangelegd, en is nog grotendeels enkelsporig. Plannen om de 33 km lange lijn te vertrammen, als RijnGouwelijn, zijn inmiddels van tafel. In de huidige plannen (HOV-net Zuid-Holland Noord) krijgt de lijn twee nieuwe stations, iets meer dubbelspoor, en naast de Intercity een Sprinter. Hier wordt een volledige verbouwing voorgesteld, aansluitend op een tunnel door Leiden.
De toekomstige functie bepaalt hoeveel er aan de infrastructuur toegevoegd moet worden. Een tweede spoor is relatief eenvoudig, want buiten Leiden loopt de lijn vooral door open veld, en langs de rand van de dorpen. Dat levert echter weinig op, zonder aanpak van de enkelsporige lijn binnen Leiden zelf. Voor een echte ‘Intercity’, moeten ook enkele scherpe bochten verruimd worden. Hoogfrequente diensten, en nieuwe stations, vereisen nog meer aanpassingen.
Hier wordt uitgegaan van een tweesporige tunnel door de bebouwde kom van Leiden, tot aan de A4. De tunnel loopt dus ook onder het Rijn-Schiekanaal (Vliet). Daarmee verdwijnen zowel de overweg aan de kade, als de verouderde spoorbrug over het kanaal zelf. Dat valt niet te combineren met de net aangelegde onderdoorgang, naast het Rijn-Schiekanaal. Deze lijkt niet ontworpen voor een tweede spoor, en het doet ook niets aan de verouderde spoorbrug. Voor intensivering en betrouwbaarheid van de diensten, is een tunnel of aquaduct een vereiste. Dat impliceert ook een tunnel bij Station Lammenschans, want er is onvoldoende ruimte om te klimmen naar een viaduct.
De verbouwing van de lijn naar Woerden wordt dus hier beschreven vanaf de A4. Overigens kan de Leidse tunnel ook worden gebruikt, voor een nieuwe verbinding met Zoetermeer, maar dat wordt hier niet verder besproken.
Onder de snelweg A4 is in principe geen aanpassing nodig, want de lijn is hier al tweesporig. Er is al sprake van een toekomstige station Meerburg, net na de snelweg, vooral als P+R voorziening. Dat is goed te combineren met een station bij de Burg. Smeetsweg, de toegang tot de Heineken-brouwerij. Die zou ook de kern Zoeterwoude-Rijndijk bedienen.
Kaarten van Opentopomap, CC_BY_SA.
Na de Heineken-brouwerij, loopt de lijn door de weilanden. Het bestaat uit rechte stukken, met enkele bochten ertussen. Met spoorverdubbeling en verruiming van die bochten, is de lijn dan geschikt voor 140 km/h. Ook enkele overwegen, die vooral toegang geven tot boerderijen, moeten opgegeven of vervangen worden.
Aan de rand van Hazerswoude Rijndijk is er ook een bocht, en een overweg. De weg kan hier makkelijk over de lijn heen, en de bocht kan desnoods verruimd worden. Iets verderop is een nieuw station reeds gepland, op de plek van de voormalige halte. Voor een echte Intercity-dienst op de lijn, zijn twee doorgaande sporen wenselijk, en daarvoor is er wel ruimte.
In Alpen aan den Rijn is het station onlangs verbouwd, met drie perronsporen. Het ligt 16 km van Leiden, en is ook eindpunt van de lijn uit Gouda. Na het mislukken van de RijnGouwelijn, krijgt die lijn een ‘light-train’ kwartierdienst. Hier werd eerder voorgesteld om deze juist tot stadsregio metrolijn Rotterdam – Alphen om te bouwen. Voor de lijn Leiden – Utrecht maakt het in principe niets uit, zolang er voldoende keersporen zijn, ten noorden van het station. (Bij hoogfrequente diensten, moeten de perronsporen niet als keerspoor worden gebruikt).
Aan de westrand van Alphen, aan de randweg, is een nieuw station mogelijk. Dat moet goed onderzocht worden, want het bedient alleen bedrijfsterreinen. Door de ligging is een station aan de oostrand niet zinvol, in elk geval niet aan de lijn naar Utrecht, wel misschien aan de lijn naar Gouda. De prioriteit ligt echter bij een ongelijkvloerse kruising van de twee lijnen. Op zijn beurt moet deze afgestemd worden, op een nieuwe aquaduct onder de Gouwe: de huidige draaiburg is een knelpunt. Ook de resterende overwegen in Alphen moeten verdwijnen.
Na de Gouwe, loopt de lijn weer door de weilanden. Bij Zwammerdam moet de bocht waarschijnlijk verruimd worden. Ook hier zijn twee doorgaande sporen wenselijk, om stoptreinen in te halen. Dat kan ook in combinatie met een nieuw station, in elk geval bij uitbreiding van het dorp (2000 inwoners, maar daarvan een flink deel in een zorginstelling).
Ook bij Bodegraven kan de bocht bij het station verruimd worden, als de perrons iets naar het oosten verschuiven. Daarvoor moet de overweg Goudseweg dicht, maar tegelijkertijd kan de overweg aan de westkant van het station (Oud-Bodegraafsweg) worden vervangen door een onderdoorgang. Bij de Goudseweg zou dan een fiets- en perrontunnel overblijven. Bij verdere dorpsuitbreiding aan de oostkant van Bodegraven, is een tweede station denkbaar, aan de bestaande onderdoorgang.
Na een bocht aan de rand van Bodegraven, loopt de lijn rechtdoor naar de aansluiting Woerden-Molenvliet. Op dit stuk moeten enkele landbouw-overwegen worden vervangen, en de baanvaksnelheid verhoogd tot 140 km/h. De aansluiting zelf is al daarvoor geschikt. Bij Woerden Molenvliet is al langer een station gepland, vooral als eindpunt van een Randstadspoor lijn uit Tiel. De verbinding tussen het station en de woonwijk Molenvliet moet wel verbeterd worden.
Na deze aansluiting, is de lijn viersporig tot aan het Amsterdam-Rijnkanaal, en vanaf 2019 geheel viersporig, tot aan Utrecht Centraal. Alle treinen uit Leiden zouden ook in Woerden stoppen. Mogelijk kunnen de stoptreinen uit Leiden daarna doorrijden tot Utrecht, met overstap in Woerden op Randstadspoor.
De huidige plannen (HOV-net Zuid-Holland Noord) voorzien in vier treinen per uur, vanaf 2018. De hier beschreven verbouwing maakt meer mogelijk. Met de passeer-sporen in Hazerswoude en Zwammerdam, mogelijk ook bij Molenvliet, heeft de Intercity geen last van de stoptreinen. Met de 16 km Woerden – Utrecht erbij, is het het 49 km van Leiden naar Utrecht, en een reistijd van 35 minuten moet haalbaar zijn. De huidige Intercity heeft 46 minuten nodig, en stopt op vier stations.
De toegevoegde capaciteit laat ook meer stoptreinen toe, meer dan twee per uur. Het grote knelpunt is dan niet de lijn zelf, maar de beperkte perroncapaciteit bij Leiden Centraal. De eerder voorgestelde tunnel door Leiden is feitelijk een vervanging van de huidige lijn op maaiveld, en kan ook niet goed aansluiten op de doorgaande sporen (Oude Lijn). In het voorgestelde ondergronds station, op de plek van het huidige busstation, is er misschien ruimte voor vier perronsporen. Ideaal zou zijn, om de sporen uit Woerden aan te sluiten op de sporen richting Haarlem, maar daarvoor ontbreekt de ruimte.
Infrastruct 
